太平湖湿地以湖泊湿地为主体，同时包含有自然河流、入湖河口等多种湿地类型，另有分布于湖体中的岛屿等陆地，整个湿地公园形成山围水体、水含岛屿的空间景观格局。复杂多样的景观格局为不同需要的陆生生物、湿生生物及水生生物提供了栖息环境，同时具有不同深度的水体也为不同生境需求的水生动、植物提供生存场所。

    太平湖周围山体及湖内岛屿多为低山丘陵，土质良好，适宜林木的生长，加之黄山区历来重视森林封养以及黄山国家森林公园的建设，使得这一区域的森林资源得到了很好地保护，森林面积高达15000公顷，植被覆盖率达95％以上。

    太平湖湿地所在区域为亚热带季风气候区，植被类型属于中亚热带常绿阔叶林，植物种类丰富，现有浮游植物31属，维管束植物180科627属1210种（含变种），其中湿生及水生植物30余种。在太平湖湿地维管束植物中，蕨类植物18科23属36种；种子植物100科304属510种，其中裸子植物5科8属10种，被子植物95科296属500种。属国家一级保护的野生植物有南方红豆杉（Taxus chinensis）；国家二级保护的野生植物有水蕨（Ceratopteris thalictroides）、香榧（Torreya grandis cv. Merrillii.）、凹叶厚朴（Magnolia officinalis）、香果树（Emmenopterys henryi）、长序榆（Ulmus elongata）、榉树（Zelkova serrata）、；省级保护的野生植物有三尖杉（Cephalotaxus fortunei）、粗榧（Cephalotaxus sinensis）、青檀（Pteroceltis tatarinowii）等。

    在湿地公园范围内，湿生植物在滩涂区域形成旱柳群落、狗牙根群落、蓼子草群落、假稻群落、双穗雀稗群落。水生植物在沿岸浅水区域形成挺水的香蒲斑块、芦苇斑块，在局部区域沉水植物形成苦草群落、菹草群落等沉水植物群落。相对于沿江自然湖泊湿地而言，太平湖湿地公园沼生及水生植物群落较为单调，且群落面积有限，空间分布不均。

    为增加太平湖湿地公园植物群落多样性，改善动物栖息环境，在湿地公园发生植被退化区域（即毗邻生态保育区的夏村、舒溪、乌石处），实施了生态恢复工程，生态恢复的规模为1260亩，建立了芡群落、荇菜群落等浮叶植物群落260亩；马来眼子菜群落、苦草群落、菹草群落等沉水植物群落715亩；在滩涂水深较浅的区域建立了旱柳群落、芦苇-香蒲群落230亩；在水陆交界区域建立了以枫杨、水杉、池杉为主的湿生木本植物群落55亩；同时利用毗邻湖体的低洼农田湿地建立了莲群落20亩。

    适宜的气候、优良的水陆环境为动物提供了良好的栖息地。太平湖湿地共有脊椎动物82科193属279种，其中：兽类49种，鸟类147种，两栖爬行类40种，鱼类43种。常见浮游动物23属。其中国家级保护野生动物32种。包括国家一级保护野生动物4种，国家二级保护野生动物28种。太平湖湿地有鸟类186种，其中水鸟74种，占总种类的39.78 %，属于中日保护协定的80种，中澳协定的22种。每年为近4万只水鸟提供繁殖或越冬地。鸟类资源中包括国家级保护鸟类15种（国家Ⅰ级保护鸟类2种，国家Ⅱ级保护鸟类13种），省级保护鸟类36种（省Ⅰ级保护鸟类10种，省Ⅱ级保护鸟类26种）。

    自湿地公园（试点）建设以来，通过实施湿地保护与恢复工程，湿地生态系统得到保护与恢复，鸟类栖息环境日益改善，鸟类的种类和种群数量明显增加。现每年约有2万只鹭鸟，近万只雁鸭在此栖息，越冬水禽总数达4万余只，以前从未见过的小天鹅亦时有出现。